使用目的不同：生物安全實驗室是為了保護操作者和實驗室外的人員不受感染。生物安全控制。普通潔凈實驗室是為了保護產品不受污染。室內環境控制。 

實現方法不同：生物安全實驗室相對大氣為負壓，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度嚴格控制，控制室內氣流流向。采用全新風送風，排風及送風均采用雙風機系統，一用一備，自動投入運行。排風系統要加HAPE過濾器。自控要求較高。普通潔凈實驗室相對大氣為正壓且壓力差值較小，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度控制要求較低。一般采用新風+回風的送風系統，送風及排風系統均不用風機。排風系統不加HAPE過濾器。自控要求相對較低。 

運行模式不同：生物安全實驗室的運行模式一般有正常運行模式、值班運行模式、消毒運行模式；根據實驗室使用方式及消毒方法的不同，對室內的條件控制及風量控制有所不同。一般潔凈實驗室的運行模式一般僅有正常運行模式，要求條件高的項目才會有值班運行模式，一般不會考慮消毒運行模式。